故事发生在圣米海洛夫学园之中，亚历山大（三瓶由布子 配音）是一位脸上有着十字架形圣痕的俄国少年，某日，他同名为织部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亚历山大背负着沉重的过去，他的姐姐被黄金炼金术师残忍杀害，复仇成为了亚历山大唯一的信念。在亚历山大的带领之下，织部真冬被卷入了炼金术师之间的激烈战斗之中，而她的命运将就此改变。